臺式超聲波清洗器的工作原理基于超聲波在液體中的空化作用，換能器將電能量通過變幅桿在工具頭頂部液體中產生高強度剪切力，形成高頻的交變水壓強，使空腔膨脹、爆炸將細胞擊碎。另一方面由于超聲波在液體中傳播時產生劇烈地擾動作用，使顆粒產生很大的加速度，從而互相碰撞或與器壁互相碰撞而擊碎。
臺式超聲波清洗器在工作時，由于超聲換能器的高頻振蕩，會散發出大量的熱量，會導致清洗槽內的溶液溫度會逐漸上升。所以常規超聲波清洗設備在工作時，如樣品對溫度有要求，就要時刻關注清洗槽內的溫度變化。
通常在使用過程中也需要對清潔設備的具體操作知識進行了解，這樣在進行操作的時候就能很好的將其效果表現出來。有些材料在使用過程中容易產生結垢現象，因為這種材料在使用中很容易與灰塵相接觸，并且包含一些具有粘和作用的物質，這樣在使用中就容易產生嚴重的影響。
超聲波清洗器的時候重要的就是要保證清潔設備在具體的操作中穩定性，這樣在長時間的使用中不會因為電機過熱而產生質量上的損壞，需要對材料的使用進行一定的處理保證在工作中有效性。
一般在使用超聲波清洗器的時候要注意這種機械工作條件的穩定性，同時也要對一些條件進行調整使能夠在工作中實現良好的工作效果。清洗機在使用中要做到對工作環境的適用性，因為工作中不能做到對每一種物資進行針對性的處理，所以要保證在使用中的具體效果的穩定。
